Dynastię Jagiellonów kończy bezpotomna śmierć Zygmunta Augusta, syna Zygmunta Starego i królowej Bony Sforzy.
Próbowano przedłużyć ciągłość dynastyczną ogłoszeniem królem rodzoną siostrę Zygmunta Augusta - Annę Jagiellonkę, która zobowiązała się poślubić, młodszego od siebie księcia Siedmiogrodu, Stefana Batorego.
Batory miał wówczas 43 lata, Anna - 54.
Koronacja miała miejsce w Krakowie w r. 1576. Batory znał biegle włoski, niemiecki i łacinę, którą posługiwał się w komunikacji z żoną.
Politycznie - wielki przeciwnik Habsburgów. Jego najbliższym doradcą był (wykształcony na uniwersytetach w Paryżu, Rzymie i Padwie) kanclerz koronny (a od 1578 roku Wielki Hetman) Jan Zamojski. Jego matecznikiem był ZAMOŚĆ, gdzie w r.1594 założył Akademię Zamojską.
Stefan Batory już w pierwszym roku panowania przełamał opór Gdańszczan, którzy byli przeciwni Jego wyborowi na króla, zwyciężając pod Tczewem. Dla zapewnienia stabilności władzy powołał tzw. piechotę wybraniecką, tworzoną z chłopów dóbr królewskich, uniezależniając się od decyzji podatkowych szlachty.
Wobec zagrożenia ze wschodu (car Iwan Groźny), przeprowadził zwycięskie kampanie przeciwko Moskwie, włączając do Polski prawie całe Inflanty. Jan Matejko upamiętnił ten fakt obrazem zatytułowanym "Batory pod Pskowem".

Batory był zwolennikiem silnych rządów, ale i tolerancji religijnej. To jeden z najwybitniejszych władców Polski.
Kolegium Jezuickie w Wilnie podniósł do godności Akademii, stąd Uniwersytet Stefana Batorego w Wilnie.
W stosunku do przeciwników i zdrajców potrafił być bezwzględnym, o czym świadczy konflikt z rodem Zborowskich (Samuela skazał na śmierć a jego brata na banicję). Batory nie pozostawił potomka.
Jego żona, Anna Jagiellonka, po śmierci męża włączyła się do polityki, popierając kandydaturę Zygmunta III Wazy. Zmarła w 1596 roku i została pochowana na Wawelu.